Der goldene Herbst 1518 neigt sich dem Ende. Sechs Jahre sind vergangen, seitdem der berühmte Magier Johann Georg Faustus aus Nürnberg geflohen ist. Noch immer zieht er als Quacksalber und Astrologe durch die Lande. Sein Ruhm ist gewachsen, selbst an den Höfen von Herzögen, Grafen und Bischöfen sucht man seinen Rat. So als würde der Herrgott - oder sein böser Gegenspieler? - eine schützende Hand über ihn halten. Gemeinsam mit seinen neuen Gefährten Karl Wagner und der jungen Gauklerin Greta, seiner Ziehtochter, geht er gegen das erstarkende Böse in der Welt vor.

Der Schongauer Henker Jakob Kuisl reist im Februar 1672 zum Scharfrichtertreffen nach München. Erstmals hat ihn der Rat der Zwölf dazu eingeladen - eine große Ehre. Kuisl hofft, unter den Ratsmitgliedern einen Ehemann für seine Tochter Barbara zu finden. Die Henkerstochter ist verzweifelt: Sie ist ungewollt schwanger und traut sich nicht, ihre Notlage dem Vater zu offenbaren. Dann kommt in München eine Reihe von Morden an jungen Frauen ans Licht, und Kuisl wird um Hilfe bei den Ermittlungen gebeten. Alle Morde tragen die Handschrift eines Scharfrichters. Der Verdacht fällt auf den Rat der Zwölf.

Die Henkerstochter auf der Spur einer landesweiten Verschwörung. Sommer 1679. Die Pest, die in Wien bereits Tausende Opfer gefordert hat, breitet sich Richtung Bayern aus. Der Schongauer Scharfrichter Jakob Kuisl wird von einem offensichtlich Pestkranken aufgesucht, der kurz darauf zusammenbricht. Bevor er stirbt, flüstert er Jakob Kuisl noch ein paar rätselhafte Worte ins Ohr: Kuisl müsse Kaufbeuren retten, ein schwarzer Reiter spiele mit seiner Pfeife dort zum Tanz auf. Der Mörder habe zwei Gesichter.

Varennes-Saint-Jacques im Jahre des Herrn 1218: Eine Stadt, drei Menschen, drei Schicksale. Der Buchmaler Rémy Fleury träumt von einer Bibliothek, in der jeder Mann das Wissen der antiken Denker studieren kann. Sein Vater Michel, Bürgermeister von Varennes, will seine Heimat zu Frieden und Wohlstand führen, während in Lothringen Krieg herrscht. Die junge Patrizierin Philippine ist in ihrer Vergangenheit gefangen und trifft eine folgenschwere Entscheidung.

Kurz nach dem Dreißigjährigen Krieg wird in der bayerischen Stadt Schongau ein sterbender Junge aus dem Lech gezogen. Eine Tätowierung deutet auf Hexenwerk hin, und sofort beschuldigen die Schongauer die Hebamme des Ortes. Der Henker Jakob Kuisl soll ihr unter Folter ein Geständnis entlocken, doch er ist überzeugt: Die alte Frau ist unschuldig. Unterstützt von seiner Tochter Magdalena und dem jungen Stadtmedicus macht er sich auf die Suche nach dem Täter.